Nelson Pelegrino tem lutado insistentemente pela defesa dos direitos das crianças e dos adolescentes, das mulheres, dos trabalhadores, dos portadores de deficiência, dos consumidores, dos presidiários, dos povos indígenas, dos homossexuais e dos idosos. Tem se dedicado ainda ao combate ao racismo, à luta por moradia, pela educação, saúde e por um meio ambiente sadio e digno dos brasileiros.
Graças a sua atuação parlamentar na Assembléia Legislativa da Bahia, nasceu o Fórum de Direitos Humanos da Bahia, uma entidade que congrega representações civis com perfil comum de combate a impunidade e defesa do cidadão.
De acordo com Pelegrino, a proteção aos direitos humanos acontece na medida em que a sociedade se desenvolve econômica, social e culturalmente e quando o cidadão é educado de forma a reconhecer seu próprio direito - com a capacidade de construir uma cidadania ativa para criar e garantir direitos e intervir no campo da decisão política e do poder.
Na presidência da Comissão de Direitos Humanos da Câmara, dentre as ações de Pelegrino, destacam-se a luta para restringir a imunidade parlamentar; a atuação na Comissão de Reforma do Judiciário, buscando a federalização dos crimes contra os direitos humanos e o controle da justiça pela sociedade; o empenho para impulsionar a tramitação de projetos, como o que regulamenta e titula as áreas remanescentes de quilombos e a regulamentação da anistia a perseguidos políticos. Na Câmara Federal, atuou ainda na Comissão de Reforma da Segurança Pública, lutando pela desmilitarização das polícias, sua unificação e construção de um aparelho policial bem remunerado, cidadão e respeitador dos direitos humanos.
A luta contra os grupos de extermínio no Brasil, por exemplo, ganhou repercussão internacional, quando Pelegrino entregou ao Papa João Paulo II, em 1999, um dossiê sobre o assunto. Ainda no plano internacional, com base nos acordos e tratados dos quais o Brasil é signatário, colaborou e acompanhou o trabalho de organismos responsáveis pelos direitos humanos na Organização das Nações Unidas (ONU), Organização dos Estados Americanos (OEA) e em organizações não governamentais de várias partes do mundo.
Em Genebra, denunciou a tortura no Brasil, além de participar das conferências de combate a AIDS, em Nova York, e contra o racismo, em Durban - África do Sul. É resultado dessa luta, a vinda ao Brasil da relatora especial das Nações Unidas, Asma Jahangir, que em setembro do ano passado percorreu diversos estados, inclusive a Bahia, investigando denúncias feitas por Nelson Pelegrino, a exemplo do caso dos grupos de extermínio em Santo Antônio de Jesus.
Alguns episódios foram marcantes no período em que Pelegrino esteve à frente da Comissão de Direitos Humanos da Assembléia Legislativa. A maior parte deles, relacionada aos grupos de extermínio, motivou inúmeras denúncias, mobilizações das entidades civis, movimentos de pressão à justiça e ocupou tempo e espaço na mídia.
Um desses episódios é o de Heloísa Gomes, enfermeira que denunciou um grupo de extermínio no bairro de Cosme de Farias, em Salvador, e terminou assassinada em junho de 1998. Heloísa foi tomada como um símbolo da luta pelos direitos humanos. Pagou com a vida o empenho das autoridades, na apuração da denúncia, e deu visibilidade internacional ao problema dos grupos de extermínio na Bahia.
Para evitar outros desfechos semelhantes, Pelegrino articulou e conseguiu a instalação do programa de proteção a testemunha (Provita), que já existia em nível federal desde 1995, para o estado da Bahia.